您可以使用nav菜单页面上的添加元框来添加自定义框。所以-

function Register_My_Nav_Menu_Metaboxes(){
    add_meta_box( $id, $title, $callback, \'nav-menus\', \'side\' );
}
add_action(\'load-nav-menu.php\', \'Register_My_Nav_Menu_Metaboxes\');